Huy Khánh từng có quan hệ tình cảm với Tăng Thanh Hà, bạn diễn trong phim Dốc tình năm 2004.[1][2]

Tháng 8 năm 2005, anh kết hôn với nữ doanh nhân Hoàng Anh. Hai người sinh được 1 người con trai trước khi ly hôn một thời gian sau đó.[2]

Năm 2012, Huy Khánh kết hôn với diễn viên Mạc Anh Thư. Họ đã sinh được 1 người con.[2][3]